Στα πλαίσια των ευρύτερων δραστηριοτήτων του Μ.Σ.Τ. λειτουργεί το Eκπαιδευτικό του τμήμα και τα Εικαστικά Εργαστήρια.
Τα Εικαστικά Εργαστήρια ξεκίνησαν τη λειτουργία τους κατά την περίοδο 1996-1997.
Θεωρώντας ότι η δημιουργική έκφραση είναι δικαίωμα όλων, τα εργαστήρια απευθύνονται σε παιδιά Δημοτικού, Γυμνασίου, Λυκείου, καθώς επίσης και σε ενήλικες.

Μέσα από ειδικά επιλεγμένα προγράμματα, ξεχωριστά για κάθε ηλικία, οι μαθητές αποκτούν αυτογνωσία, ανακαλύπτουν πολλαπλούς τρόπους έκφρασης, διευρύνουν τη φαντασία τους και γνωρίζουν την ιστορία της τέχνης και τον πολιτισμό. Ακόμη έρχονται σε επαφή με την πολιτιστική κληρονομιά τόσο της χώρας μας όσο και άλλων χωρών μέσα από ατομικές ή ομαδικές εργασίες και ποικίλες συνεργασίες με πολιτιστικούς φορείς της Ελλάδας αλλά και του εξωτερικού.

Το Εκπαιδευτικό πρόγραμμα περιλαμβάνει επίσης οργανωμένα σεμινάρια ενώ αξιοποιείται και το πολιτιστικό υλικό των περιοδικών εκθέσεων που πραγματοποιούνται στον εκθεσιακό χώρο του Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης Κρήτης.
Τα έργα τέχνης αντιμετωπίζονται σαν πρωτότυπο εποπτικό υλικό για τη διδακτική της τέχνης.

Εκτός των άλλων δραστηριοτήτων έχει καθιερωθεί η συνεργασία των Εργαστηρίων με τα Σχολεία της Α/θμιας Εκπαίδευσης του Ν. Ρεθύμνης. Οι μαθητές με τη συνοδεία των δασκάλων τους, έχουν τη δυνατότητα να παρακολουθήσουν ένα δίωρο εκπαιδευτικό πρόγραμμα εικαστικής αγωγής (ζωγραφικής και κεραμικής) στο χώρο των Εργαστηρίων.