H μόνιμη συλλογή του Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης - Δημοτική Πινακοθήκη Ρεθύμνης "Λ.Κανακάκις" προήλθε από δωρεές συλλεκτών και καλλιτεχνών.
Η πρώτη δωρεά, που αποτέλεσε και το βασικό κορμό, έγινε το 1992 με την ίδρυση της Πινακοθήκης.
Τα έργα του Λευτέρη Κανακάκι παραχωρήθηκαν στο Δήμο Ρεθύμνης μετά το θάνατο του ζωγράφου, το 1985, από το οικογενειακό και φιλικό του περιβάλλον.
Τα αδέλφια του, ¶ννα Κανακάκι και Μανόλης Εμμ. Κανακάκις πρόσφεραν 8 έργα. Οι φίλοι του Γιάννης Μανούσακας, Μαρία Αθανασιάδου, Δημήτρης Μυταράς, Βούλα Γουνελά, Έπυ Παυλίδη, από ένα έργο της συλλογής τους. Η ανιψιά του, Μαρία Μαραγκού, 34 έργα.
Τρία σπουδαστικά και το τελευταίο έργο του Λ.Κανακάκι είναι από το εργαστήρι του ζωγράφου.
Η συλλογή ελλήνων καλλιτεχνών προήλθε αρχικά από δωρεά 120 έργων της συλλογής Χαράλαμπου και Μαρίας Μαραγκού.
Σημαντική υπήρξε η συμπαράσταση της Μαρίας Δημητριάδη της αίθουσας τέχνης "Μέδουσα" με τη δωρεά 10 έργων.
Οι καλλιτέχνες υπήρξαν γενναιόδωροι να παραχωρήσουν έργα τους στη Δημοτική Πινακοθήκη Ρεθύμνης για τον εμπλουτισμό της συλλογής.
Σήμερα η Μόνιμη Συλλογή του Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης Κρήτης αποτελείται περίπου από 500 έργα σύγχρονων Ελλήνων καλλιτεχνών που καλύπτει ένα ευρύ φάσμα της σύγχρονης ελληνικής εικαστικής πραγματικότητας από το 1950 ως σήμερα.
