Βρίσκεται στην καρδιά της παλιάς ιστορικής πόλης, κάτω από το ενετικό τείχος και το Αρχαιολογικό Μουσείο.

Αγοράστηκε στη δεκαετία του 1970 από το Δήμο Ρεθύμνης και το 1992 έγινε Πινακοθήκη. Το 1995 το Ρέθυμνο εντάχθηκε στο θεσμό του Εθνικού Πολιτιστικού Δικτύου Πόλεων με συνέπεια την ίδρυση του Κέντρου Σύγχρονης Εικαστικής Δημιουργίας που προσανατόλισε τις δραστηριότητες της Πινακοθήκης στη σύγχρονη τέχνη.

Ένας καινούριος χώρος που συμπλήρωσε την παλιά Δημοτική Πινακοθήκη «Λ. Κανακάκις» και το Κέντρο Σύγχρονης Εικαστικής Δημιουργίας, ώθησε στη δημιουργία του νέου Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης που απέκτησε η Κρήτη. Το παλιό ενετικό κτίσμα που αποτέλεσε στις αρχές του 20ου αιώνα έναν από τους πρώτους βιομηχανικούς χώρους του νησιού, με το εργοστάσιο σαπουνιού που φιλοξενούσε μέχρι τη δεκαετία ΄70, σήμερα αποτελεί έναν σύγχρονο μουσειακό χώρο υψηλών προδιαγραφών, περίπου 1000 τ.μ.

Το Μουσείο διαθέτει μια μόνιμη συλλογή περίπου 500 έργων σύγχρονων Ελλήνων καλλιτεχνών που καλύπτει ένα ευρύ φάσμα της σύγχρονης ελληνικής εικαστικής πραγματικότητας από το 1950 ως σήμερα.

Τα έργα του Λ. Κανακάκι (περίπου 50) προέρχονται από δωρεά του ζεύγους Μπάμπη και Μαρίας Μαραγκού.

Η συλλογή, που στο σύνολό της καλύπτει επαρκώς τα δείγματα της τέχνης του δεύτερου μισού αιώνα μας, από την αφαίρεση και τη γεωμετρικότητα μέχρι το νεοεξπρεσιονισμό, τη νέα παραστατικότητα, το μινιμαλισμό, το αντικείμενο στο χώρο, τη γλυπτική και τη γλυπτοζωγραφική, τις συναρμογές, τις εγκαταστάσεις στο χώρο και τα περιβάλλοντα, την εννοιακή τέχνη, τη φωτογραφία, τη δημιουργία έργων επεξεργασμένων στον υπολογιστή, προσκλήθηκε και φιλοξενήθηκε στην Πινακοθήκη Πιερίδη στην Αθήνα, στο Κέντρο Σύγχρονης Τέχνης Λάρισας, στη Δημοτική Πινακοθήκη Πάτρας  ενώ συζητιούνται οι συνθήκες ασφάλειας και τρόπου παρουσίασής της σε άλλες ελληνικές πόλεις και νησιά που την έχουν ζητήσει.

Παράλληλα η συλλογή έργων του Λευτέρη Κανακάκι έχει αποτελέσει αντικείμενο ερευνητικού προγράμματος με σκοπό την ανάπτυξη, αξιολόγηση και εφαρμογή εκπαιδευτικών πολιτιστικών προγραμμάτων και αλληλεπιδραστικών πολυμέσων. Το πρόγραμμα υλοποίησε ο Ανδρέας Κόλλιας - Καθηγητής του Πανεπιστημίου Κρήτης.

Σε αυτή τη διαδρομή όλα αυτά τα χρόνια, ο κεντρικός χώρος και οι εναλλακτικοί χώροι που χρησιμοποιούσε ο θεσμός για τη σύγχρονη τέχνη, κατάφερε να ξεπεράσει τις πλέον αισιόδοξες προσδοκίες συγκεντρώνοντας την πανελλήνια και ενίοτε τη διεθνή κοινότητα της τέχνης. Εκθέσεις διεθνούς περιεχομένου, προγράμματα και συνεργασίες με φορείς αντίστοιχους στην Ελλάδα και στο εξωτερικό υλοποιήθηκαν ενώ εκπρόσωποι ιδρυμάτων,  θεωρητικοί   και   καλλιτέχνες  από  την   Ευρώπη  και  τις  Η.Π.Α., συναντήθηκαν στους χώρους μας με τους καλλιτέχνες μας αλλά και την Πανεπιστημιακή κοινότητα. Συγκεκριμένα, από το 1992 έως σήμερα, έχουν οργανωθεί 104 εκθέσεις, μονογραφικές και θεματικές και έχουν εκδοθεί 55 κατάλογοι.
Παράλληλα κατά τη διάρκεια των εκθέσεων λειτουργούν καθημερινά ξεναγήσεις κατά ηλικίες παιδιών, νέων και ενηλίκων.

Το 1996 το Ρέθυμνο μπήκε σε ένα δεύτερο πρόγραμμα του Υπουργείου Πολιτισμού ώστε να δημιουργήσει Εργαστήρια Εικαστικών Τεχνών.
Επιλέχτηκε ένα ενδιαφέρον κτίριο στην παλιά πόλη, για τα μαθήματα κεραμικής (ενήλικες-παιδιά), ζωγραφικής (ενήλικες-παιδιά), κοσμήματος (ενήλικες).